بقايا حفرية من الإنسان المنتصب، والمعروف شعبيا باسم إنسان جاوة، تشير إلى أن كان يعيش في الأرخبيل الإندونيسي منذ مليوني سنة إلى 500،000 سنة مضت.[10] الإنسان العاقل (Homo sapiens) وصل المنطقة منذ نحو 45000 سنة مضت.[11] الشعوب الأسترونيزية، والذين يشكلون غالبية السكان الجدد، وصلوا من جنوب شرق آسيا من تايوان في حوالى 2000 قبل الميلاد، وانتشروا من خلال الأرخبيل إلى المناطق التي كانت تقتصر على الشعوب الأصلية الميلانيزيية في مناطق الشرق الأقصى.[12] الظروف المثالية للزراعة، والسيطرة على زراعة الأرز في الحقول الرطبة في وقت مبكر من القرن الثامن قبل الميلاد، [13] سمح لظهور القرى والبلدات، فازدهرت الممالك الصغيرة في القرن الأول قبل الميلاد، مما عزز موقف إندونيسيا البحري الإستراتيجي بين الجزر وعزز تجارتها الدولية، بما في ذلك الروابط مع ممالك الهند والصين، التي أنشئت في فترة عدة قرون قبل الميلاد.[14] ومنذ ذلك الوقت، فقد ميزت التجارة إندونيسيا بشكل أساسي.[15]
في القرن السابع الميلادي، ازدهرت مملكة سريفيجايا كقوة بحرية نتيجة للتجارة ولتأثيرات الديانتين الهندوسية والبوذية.[16] بين القرنين الثامن والعشر الميلاديين، فإن سلالتي سيلندرا البوذية ومملكة ماتارام الهندوسية الزراعيتين ازدهرتا ورفضت في جاوة الداخلية، وتركت معالم دينية كبرى مثل بوروبودور التابع لسلالة سيندرا وبرامبانان التابع لمملكة ماتارام. تأسست إمبراطورية ماجاباهيت الهندوسية في جاوة الشرقية في أواخر القرن الثالث عشر الميلادي، وتحت حكم جاجاه مادا تمدد نفوذها على جزء كبير من إندونيسيا.[17]
على الرغم من أن التجار مسلمين وصلوا أول مرة إلى جنوب شرق آسيا في وقت مبكر من العصر الإسلامي، وأقرب دليل على السكان المسلمين في إندونيسيا تعود إلى القرن الثالث عشر في شمال سومطرة.[18] انتشر الإسلام إلى المناطق الإندونيسية الأخرى تدريجيا، وكان الدين السائد في جاوة وسومطرة بحلول نهاية القرن السادس عشر. وكانت النسبة الأكبر من الداخلين في الإسلام لديهم عادات مختلطة متأثرة بالثقافة والدين، التي شكلت النموذج السائد للإسلام في إندونيسيا، وخاصة في جاوة.[19] أكن أول وصول للأوروبيين إلى إندونيسيا في عام 1512، عندما وصلت السفن التجارية البرتغالية بقيادة فرانسيسكو سيراو وسعوا لاحتكار مصادر جوزة الطيب والقرنفل والكبابة في جزر الملوك.[20] بعد ذلك بدأ النزاع بين التجار الهولنديين والبريطانيين، في 1602 أنشأ الهولنديون شركة الهند الشرقية الهولندية (VOC) وأصبحت القوة الأوربية المهيمنة. بعد الإفلاس في عام 1800، أنشأت حكومة هولندا مستعمرة جزر الهند الشرقية الهولندية المؤممة.[21]
سوكارنو، مؤسس إندونيسيا ورئيسها الأسبق
سوهارتو، الرئيس السابق وهو الثاني لإندونيسيا
خلال معظم الفترة الاستعمارية، كانت السيطرة الهولندية على المناظق الساحلية، بينما كانت ضعيفة داخل الجزر، حتى أوائل القرن العشرين فقد امتدت هيمنة الهولنديين لتشمل حدود إندونيسيا الحالية [22] الاحتلال الياباني خلال الحرب العالمية الثانية أنهى الاستعمار الهولندي، [23] وشجع من قبل ثورة استقلال إندونيسيا المقموعة سابقاً.[24] وبعد يومين من استسلام اليابان في آب 1945، فقد قام سوكارنو، وهو زعيم وطني مؤثر، بإعلان الاستقلال وعُيّن رئيساً.[25] فحاولت هولندا إعادة سيطرتها لكن الكفاح المسلح والدبلوماسية استمرت حتى كانون الأول 1949، فاعترفت هولندا رسمياً باستقلال إندونيسيا بسبب مواجهتها ضغوطاً دولية.[26] (باستثناء بعض الأراضي التي استمرت السيطرة الهولندية عليها في غرب غينيا الجديدة، التي أعيدت لإندونيسيا بعد اتفاقية نيويورك عام 1962، وقانون حرية الاختيار بتفويض من الأمم المتحدة في عام 1969.[27]
انتقل سوكارنو من الديمقراطية نحو السلطوية، والحفاظ على قاعدة سلطته عن طريق الموازنة بين القوى المعارضة المتمثلة في الجيش والحزب الشيوعي الإندونيسي(PKI)، [28] أحبط الجيش محاولة انقلاب في 30 سبتمبر 1965 الذي قاد على إثرها حملة تطهير عنيفة ضد الشيوعيين، لأنه تم إلقاء اللوم على الحزب الشيوعي الاندونيسي بمحاولة الانقلاب مما أدى إلى تدمير الحزب.[29] قتل ما بين 500000 ومليون شخص.[30] الجنرال سوهارتو قائد الجيش، قام بإضعاف سوكارنو سياسياً ثم تم تعيينه رئيساً بشكل رسمي في آذار 1968 أيدت حكومة الولايات المتحدة النظام الجديد، [31][32] وشجع سوهارتو الاستثمار الأجنبي المباشر في إندونيسيا، والذي كانت عاملاً رئيسياً في العقود الثلاثة اللاحقة للنمو الاقتصادي الكبير.[33] ومع ذلك، فإن "النظام الجديد " كان سلطوياً واتهم على نطاق واسع بالفساد وقمع المعارضة السياسية.
كانت إندونيسيا البلد الأكثر تضررا من الأزمة المالية الآسيوية عام 1997.[34] السخط الشعبي المتزايد من النظام الجديد أدى إلى احتجاجات شعبية في جميع أنحاء البلاد. فاستقال سوهارتو في 21 مايو 1998.[35] وفي عام 1999، صوت التيموريون الشرقيون لصالح الانفصال عن إندونيسيا بعد حكم عسكري دام 25 عاماً مع إدانة دولية لقمع أبناء تيمور الشرقية.[36] منذ استقالة سوهارتو، فقد تم تعزيز العمليات الديمقراطية وبرامج الحكم الذاتي الإقليمي، وأول انتخابات رئاسية مباشرة في عام 2004. فاخفضت حالات عدم الاستقرار السياسي والاقتصادي والاضطراب الاجتماعي والفساد والإرهاب، كما أن أداء الاقتصاد في السنوات الخمس الماضية كان قوياً. إافة إلى أن العلاقات بين مختلف المجموعات الدينية والعرقية متناغم إلى حد كبير رغم كل السخط والعنف الطائفي الذي قد حدث.[37] ومن أبرز ما قد تم تحقيقه هو تسوية سياسية للنزاع المسلح في إقليم آتشيه الانفصالي في عام 2005.[38]