تقع إندونيسيا بين خطي عرض 11° جنوباً و6° شمالاً، وخطي طول 95° و141° شرقاً. وتتألف من 17508 جزيرة، 6000 منها مأهولة[66] مبعثرة على جانبي خط الاستواء. أكبرها جاوة وسومطرة وبورنيو (المقسمة مع بروناي وماليزيا) وغينيا الجديدة (المقسمة مع بابوا غينيا الجديدة)، وسولاوسي.
إندونيسيا لها حدود برية مشتركة مع ماليزيا في جزيرة بورنيو وبابوا غينيا الجديدة في جزيرة غينيا الجديدة وتيمور الشرقية في جزيرة تيمور. كما أن لها حدوداً بحرية عبر مضائق ضيقة مع سنغافورة وماليزيا والفلبين في الشمال، ومع أستراليا في الجنوب. العاصمة جاكرتا، في جاوة، وأكبر مدينة في البلاد، تليها سورابايا وباندونج ومدان وسيمارانج.[67]
مساحة إندونيسيا هي 1919440 كم² (741050 ميلاً مربعاً)، وهي الدولة السادسة عشر من حيث المساحة.[68] متوسط الكثافة السكانية هو 134 نسمة لكل كيلومتر مربع (347 لكل ميل مربع)، وتحمل التسلسل 79 في العالم،[69] مع العلم أن جزيرة جاوة هي أكثر جزر العالم من حيث عدد السكان،[70] حيث أن الكثافة السكانية فيها هي 940 نسمة لكل كيلومتر مربع (2435 لكل ميل مربع). أعلى قمة في إندونيسيا هي بونتشاك جايا في بابوا البالغ ارتفاعها 4884 متراً (16024 قدماً)، وبحيرة توبا في سومطرة هي أكبر بحيرة، مساحتها 1145 كم² (442 ميلاً مربعاً). أطول الأنهار تقع في كاليمانتان، وتشمل نهر ماهاكام ونهر باريتو؛ مثل هذه الأنهار تنفع في التواصل والتنقل بين المدن والقرى في الجزيرة.[71]
جبل سيميرو وجبل برومو في جاوة الشرقية. النشاطات الزلزالية والبركانية في إندونيسيا هي من بين الأعلى في العالم.
موقع إندونيسيا على حواف صفائح المحيط الهادئ وأوراسيا والأسترالية التكتونية يجعل الموقع متعرضاً للعديد من البراكين والزلازل بشكل متكرر. يوجد في إندونيسيا ما لا يقل عن 150 بركاناً نشطاً،[72] أبرزها كراكاتوا وتامبورا المشهوران بثوراناتها البركانية المدمرة خلال القرن التاسع عشر. اندلاع البركان الرهيب في توبا قبل 70000 سنة تقريباً كان واحداً من أكبر الثورات من أي وقت مضى. من الكوارث الأخيرة بسبب النشاط الزلزالي تشمل تسونامي 2004 في سومطرة الشمالية المتسبب في مقتل 167736 شخصاً[73]، وزلزال يوغياكارتا في عام 2006. ومع ذلك، فإن الرماد البركاني هو المساهم الرئيسي في الخصوبة الزراعية العالية التي حافظت تاريخياً على الكثافة السكانية العالية في جاوة وبالي.[74]
وقوع إندونيسيا على خط الاستواء يجعلها ذات مناخ مداري، مع موسمين من الرياح الموسمية رطبة وجافة. المتوسط السنوي لهطول الأمطار في المناطق المنخفضة يتراوح بين 1،780-3،175 ملم (70-125 بوصة)، وتصل إلى 6100 ملم (240 بوصة) في المناطق الجبلية. المناطق الجبلية، وخصوصاً في الساحل الغربي لسومطرة وجاوة الغربية وكاليمانتان وسولاويسي، وبابوا، تتلقى أعلى هطول الأمطار. الرطوبة عالية عموما، في المتوسط نحو 80 ٪. درجات الحرارة تختلف قليلاً على مدار السنة، ومتوسط درجات الحرارة اليومية في جاكرتا 26-30 درجة مئوية (79-86 درجة فهرنهايت).