اللغة الوطنية الرسمية هي اللغة الإندونيسية، وهي إحدى لغات الملايو، وتدرس بشكل واسع في المدارس، وبالتالي يتحدث بها ما يقرب من كل الإندونيسيين فهي لغة الأعمال والسياسة ووسائل الإعلام الوطنية والتعليم والأوساط الأكاديمية. في لهجة من الملايو ذات مكانة، وكانت لغة سلطنة جوهور ورياو والتي لعدة قرون كانت لغة مشتركة للأرخبيل، وكانت لغة التواصل الرسمية مع سنغافورة وماليزيا وبروناي. وقد تمت ترقيتها من قبل القوميين الإندونيسيين في عشرينات القرن الماضي وأعلن أنها اللغة الرسمية تحت اسم (باهاسا اندونيسيا - Bahasa Indonesia) في يوم إعلان الاستقلال في عام 1945. معظم الإندونيسيين يتكلم على الأقل عدة لغات من مئات اللغات واللهجات المحلية، وقد تكون غاللغة الإندونيسية الرسمية في كثير من الأحيان هي لغتهم الأم. الجاوية هي الأكثر انتشاراً كلغة أكبر جماعة عرقية. ومن ناحية أخرى، يوجد في بابوا أكثر من 270 لغة للسكان الأصليين وتتنوع هذه اللغات إلى أصول بابوية وأسترونيزية،[131] ويعيش في هذه المنطقة من نحو 2.7 مليون شخص.
ومن اللغات المتداولة الأخرى اللغة العربية واللغة الإنجليزية.