الفلبين عبارة عن أرخبيل من 7107 جزيرة[40] بمساحة كلية للأراضي، بما في ذلك المسطحات المائية الداخلية، تقرب من 300,000 كم2 (116,000 ميل مربع). تمتلك الفلبين ساحلاً بطول 36,289 كم (22,549 ميل) مما يضعها في المرتبة الخامسة عالمياً.[40][61] يحدها بحر الفلبين من الشرق، وبحر الصين الجنوبي من الغرب، وبحر سيليبس في الجنوب. وتقع جزيرة بورنيو على بعد بضع مئات الكيلومترات في الجنوب الغربي بينما تقع تايوان إلى الشمال مباشرة. تقع جزر الملوك وسولاوسي إلى الجنوب والجنوب الغربي وبالاو إلى الشرق.[40]
تغطي معظم الجزر الجبلية غابات استوائية مطيرة والتي هي بركانية في الأصل، وأعلاها جبل آبو الذي يصل لارتفاع 2954 م (9692 قدما) فوق مستوى سطح البحر ويقع في جزيرة ميندناو. أطول نهر هو نهر كاجايان في لوزون الشمالية. خليج مانيلا متصل بلاجونا دي باي، أكبر بحيرة في الفيليبين، عبر نهر باسيج. من الخلجان الهامة خليج سوبيك، وخليج دافاو، وخليج مورو وغيرها. يفصل مضيق سان خوانيكو جزيرتي سامار وليت ولكن فوقه جسر سان خوانيكو.