ما بعد مقتل بوتو وفوز إبنته بالحكم
طوال تلك الفترة الماضية كانت قد حدثت بعض الأمور داخل الجماعة الإسلامية حيث توفي مؤسسها وأميرها الأول أبو الأعلى المودودي تحت وطأة المرض في العام 1979 م كما تم انتخاب قاضي حسين أحمد أميراً جديداً للجماعة خلفاً لطفيل محمد في العام 1987 م حيث قام قاضي حسين في بداية زعامته للجماعة بجولات في الأقاليم الباكستانية لكسب التأييد الشعبي كما أنّه شجع الانتشار بين القواعد الشعبية وعدم حكرها على النُخب وهو الأمر الذي لم يكن متبعاً خلال الفترات الماضية من تاريخ الجماعة إذ كانت رسالة الجماعة تستهدف المتعلمين والمثقفين من الدرجة الأولى. تنافست جميع القوى السياسية الباكستانية بما فيها الجماعة الإسلامية في انتخابات العام 1988 م والتي أسفرت عن نجاح حزب الشعب بأغلبية قليلة بزعامة بي نظير بوتو التي ترأست الحكومة فكانت بذلك أول امرأة تستلم هكذا منصب في العالم الإسلامي. تميّز حكم بي نظير بوتو بالعديد من المشكلات الاقتصادية التي لم تستطع إدارتها بفعالية بالإضافة إلى انتشار الفساد حيث دارت الشكوك حول زوجها آصف علي زرداري، الذي يعتبر واحداً من أغنى خمسة رجال في باكستان، أدى ذلك في النهاية إلى أن يقوم رئيس الدولة اسحاق خان بإقالتها وذلك في العام 1990 م. كانت بي نظير غير مؤهلة للحكم بنظر الجماعة الإسلامية فهي من جهة وريثة أفكار أبيها العلمانية تماماً يضاف إلى ذلك الأفكار الليبرالية التي أضافتها هي بعد تأثرها بالحياة الغربية التي عاشت فيها سنوات طويلة من عمرها ومن جهة أخرى هي صغيرة السن فقد استلمت رئاسة الحكومة وهي في سن 35 عاماً وأيضاً سمعة زوجها المليئة بروائح الفساد المالي، وقد صدقت نظرة الجماعة الإسلامية لها فقد تدخلت حكومتها بشكل سافر في الجهاد الأفغاني، كما أنّها حدّت من قوانين لفة مع نواز شريف زعيم حزب الرابطة الإسلامية والذي كان من أسرة متدينة بشكل عام تلتزم التعاليم الأساسية للإسلام ولكنها أسرة إقطاعية وتثار قات اقتصادية مشبوهة للدرجة التي بات يعرف بها في الأوساط الاقتصادية الباكستانية بـ "السيد 10 %" تلميحا إلى نسبة الـ 10% التي كان يتقاضاها على معظم الصفقات التجارية التي تجريها الحكومة، واتهم أيضا بتهمة التآمر لقتل مرتضى بوتو، شقيق زوجته بينظير بوتو. وتمت تبرئته في وقت لاحق.