تم إجراء انتخابات رئاسية في 3 أكتوبر 2004 في أبخازيا، كان من الواضح أن روسيا تؤيد راؤول خادجيمبا رئيس الوزراء المدعوم من قبل الرئيس الانفصالي المعتل المنتهية ولايته فلاديسلاف أردزينبا. ملصقات الرئيس الروسي فلاديمير بوتين مع خادجيبما، الذي مثله مثل بوتين كان يعمل مستشاراً في المخابرات الرسمية، كانت في كل مكان في سوخومي. النواب في البرلمان الروسي والمطربين الروسي بقيادة جوزيف كوبوزون وهو نائب ومطرب شعبي، حضروا إلى أبخازيا لحملة خادجيبما.
إلا أن راؤول خادجيمبا خسر الانتخابات أمام سيرغيه باغابش. أدى الوضع المتوتر في الجمهورية إلى إلغاء نتائج الانتخابات من قبل المحكمة العليا. بعد ذلك تم التوصل إلى اتفاق مع منافسه السابق للدخول في الانتخابات معاً - باجابش بوصفه المرشح الرئاسي وخادجيمبا باعتباره مرشحاً لمنصب نائب الرئيس. تلقوا أكثر من 90 ٪ من الأصوات في الانتخابات الجديدة.
في يوليو 2006، شنت القوات الجورجية عملية بوليسية ناجحة ضد محافط جورجيا المتمرد من وادي كودوري، إمزار كفيتسياني. كفيتسياني، الذي تم تعيينه من قبل الرئيس السابق لجورجيا إدوارد شيفرنادزه، ورفض الاعتراف بسلطة الرئيس ميخائيل ساكاشفيلي، الذي خلف شيفاردنادزه بعد الثورة الوردية. على الرغم من أن كفيتسياني قد فر من الاعتقال من قبل الشرطة الجورجية، تم استعادة وادي كودوري تحت حكم الحكومة المركزية في تيبليسي.
استمرت أعمال عنف متقطعة طوال سنوات ما بعد الحرب. على الرغم من وجود قوات حفظ سلام روسية في أبخازيا، إدعى المسؤولون الجورجيين بشكل مستمر أن قوات حفظ السلام الروسية كانت تحرض على العنف عن طريق إمداد المتمردين الأبخاز بالأسلحة والدعم المادي. دعم روسيا لأبخازيا أصبح واضحاً عندما أصبح الروبل الروسي عملة الأمر الواقع وبدء روسيا في إصدار جوازات سفر روسية لسكان أبخازيا.[25] كما اتهمت جورجيا روسيا بانتهاك مجالها الجوي بطائرات الهليكوبتر لمهاجمة البلدات الخاضعة للسيطرة الجورجية في وادي كودوري. في أبريل 2008، أسقطت طائرة من طراز ميج الروسية - المحظورة من المجال الجوي الجورجي - طائرة جورجية من طراز UAV.
في 9 أغسطس 2008، أطلقت القوات الأبخازية النيران على القوات الجورجية في وادي كودوري. وتزامن ذلك مع حرب أوسيتيا الجنوبية 2008 حيث قررت روسيا أن تدعم الانفصاليين في أوسيتيا الذين تعرضوا للهجوم من جانب جورجيا. تصاعد النزاع ليصبح حرباً شملت الاتحاد الروسي وجمهورية جورجيا. في 10 أغسطس 2008، ما يقدر بـ 9,000 من القوات الروسية دخلت أبخازيا لتعزيز قوات حفظ السلام الروسية في هذه الجمهورية. حوالي 1,000 من القوات الأبخازية انتقلت لطرد ما تبقى من القوات الجورجية بداخل أبخازيا في أعالي وادي كودوري.[26] وبحلول 12 أغسطس، طردت القوات الجورجية والمدنيين الجورجيين من آخر قسم أبخازي كان واقعاً تحت السيطرة الجورجية. واعترفت روسيا باستقلال أبخازيا في 26 أغسطس 2008.[27][28] وعلاوة على ذلك، في 17 نوفمبر 2008، صدق البرلمان الأبخازي علي مشروع قانون يخول بناء قاعدة عسكرية روسية في أبخازيا في عام 2009. [بحاجة لمصدر]
منذ اعتراف روسيا باستقلال أبخازيا، قامت هناك عدة اتفاقيات مثيرة للجدل بين الطرفين أدت إلى بيع أو تأجير عدد من المناطق الحدودية بين الطرفين. في مايو 2009، قامت عدة أحزاب معارضة وقوى جندية بالاعتراض على هذه الصفقات بحجة أن هذه الصفقات تمس باستقلال أبخازيا وخطورة هذه الاتفاقيات في استبدال القوة الاستعمارية الجورجية بالروسية.[29] استقال نائب الرئيس راؤول خادجيمبا في 28 مايو لوقوفه إلى جانب المعارضة.[30] بعد ذلك، رشح مؤتمر للأحزاب المعارضة راؤول خادجيمبا كممثل لهذه الأحزاب في الانتخابات الرئاسية الأبخازية التي أقيمت في ديسمبر 2009، حين فاز سيرغيه باغابش.