أقرب البقايا البشرية المعروفة في الفلبين تعود لإنسان تابون قبل المنغولي من بالاوان، حيث ترجع لحوالي 24000 سنة مضت وفقاً لدراسات الكربون المشع.[7][8] النغريتو مجموعة أخرى من السكان ظهرت في وقت مبكر لكن ظهورها في الفلبين لم يؤرخ بشكل صحيح.[9] تلاهم المتحدثون باللغات الملاوية البولينيزية، الذين بدأوا في الوصول حوالي 4000 قبل الميلاد، مستبدلين بدورهم المجموعة السابقة من السكان.[10] بحلول 1000 قبل الميلاد، تطور سكان الأرخبيل وإلى أربع فئات اجتماعية: قبائل الصيد والجمع، المجتمعات المحاربة، طبقات الأغنياء البسيطة، والإمارات حول الموانئ البحرية.[11]
كان للمجتمعات حول الموانئ البحرية اتصال بالمجتمعات الآسيوية الأخرى خلال الفترات اللاحقة وتأثرت بالحضارات الهندوسية البوذية، الإسلام. لم تظهر دولة موحدة سياسيا تشمل كامل أرخبيل الفلبين. بدلا من ذلك، تم تقسيم الجزر بين كيانات ذات سيادة بحرية متنافسة يحكمها داتو أو راجا أو سلطان. ومن بين هذه الممالك ماينيلا، ناميان، وتوندو، وراجانة بوتوان وسيبو، وسلطنة ماغويندناو وسولو.[12][13][14][15] بعض هذه المجتمعات كانت جزءا من امبراطوريات الملايا مثل سريفيجايا، ماجاباهيت، وبروناي.[16][17] وصل الإسلام إلى الفلبين من قبل التجار والوعاظ من ماليزيا وإندونيسيا. بحلول القرن الخامس عشر، ثبت الإسلام وجوده في أرخبيل سولو ووصل مندناو، بيسايا، ولوزون بحلول عام 1565.[18][19]
صفحة من كتاب بوكسر كوديكس. من اليسار جنرال من راجانة بوتوان، واليمين أميرة من توندو.
في عام 1521، وصل المستكشف البرتغالي فرديناند ماجلان إلى الفلبين وطالب بالجزر للتاج الإسباني، [20] لكنه قتل في معركة ماكتان على يد قبيلة السلطان المسلم لابو لابو في جزيرة ماكتان. بدأ الاستعمار عندما وصل المستكشف الأسباني ميغيل لوبيز دي ليجاأستغفر الله من المكسيك في عام 1565 وأنشأ أولى المستوطنات الأوروبية في سيبو. في عام 1571، بعد التعامل مع الأسر الحاكمة المحلية في أعقاب مؤامرة توندو وهزيمة القرصان الصيني ليماهونغ، جعل الإسبان من مانيلا عاصمة الهند الشرقية الأسبانية.[21][22]
ساهم الحكم الإسباني بشكل كبير في جلب الوحدة السياسية إلى الأرخبيل. من 1565-1821، كانت تدار الفلبين باعتبارها أراضي تابعة للتاج الإسباني ومن ثم أصبحت تدار مباشرة من مدريد بعد حرب الاستقلال المكسيكية. ربط جاليون مانيلا المدينة بأكابولكو برحلة أو اثنتين سنوياً ما بين القرنين 16 و 19. قدمت هذه التجارة مواد غذائية مثل الذرة والبندورة والبطاطا والفلفل الحار الأناناس من الأمريكتين.[22] كما قام المبشرون من الروم الكاثوليك بتحويل معظم سكان الأراضي المنخفضة إلى المسيحية، وتأسست المدارس، وجامعة، والمستشفيات. في حين قدم مرسوم أسباني التعليم العام المجاني في عام 1863، فإن الجهود في مجال التعليم العام الشامل أثمرت في المقام الأول خلال الفترة الأمريكية.[23]
خاض الأسبان خلال حكمهم نزاعات مختلفة مع السكان الأصليين، والعديد من التحديات الخارجية من طرف القراصنة الصينيين، هولندا، والبرتغال. في امتداد للقتال في حرب السنوات السبع، نجحت القوات البريطانية تحت قيادة الجنرال العميد وليام درابر والأميرال كورنيش صموئيل باحتلال الفلبين لفرتة قصيرة. حيث وجدوا حلفاء محليين مثل دييغو وغابرييلا سيلانغ الذين انتهزوا الفرصة لقيادة تمرد ضد المكسيكي المولد الحاكم العام ورئيس أساقفة مانيلا مانويل روخو ديل ريو وفييرا، لكنها اعيدت في النهاية للحكم الإسباني بعد معاهدة باريس (1763).[18][24][25]
خوسيه ريزال، مارسيلو ديل بيلار، وماريانو بونس، قادة حركة الدعاية
في بداية القرن التاسع عشر، فتحت الموانئ الفلبينية على التجارة العالمية كما ظهرت تحولات في المجتمع الفلبيني. أصبح العديدون من الأسبان المولوين في الفلبين (الكريول) إضافة إلى ذوي الأصول المختلطة (مستيزو) أغنياء. أدى تدفق المستوطنين اللاتين والإسبانية إلى عزل دور الكنيسة وفتح باب المناصب الحكومية التي كان يشغلها فقط الأسبان ممن ولدوا في شبه الجزيرة الايبيرية. كما بدأت تأثيرات أفكار الثورة الفرنسية تنتشر عبر الجزر. أدى استياء الكريول إلى تمرد في ثروة كافيت ال فييخو في عام 1872 والتي كانت مقدمة للثورة الفلبينية.[18][26][27][28][29]
تأججت المشاعر الثورية في عام 1872 بعد اتهام ثلاثة كهنة هم ماريانو غوميز، خوسيه بورغوس، جاسينتو زامورا (يعرفون باسم غومبورزا)، بالتحريض على الفتنة من قبل السلطات وإعدامهم.[26][27] غذا هذا الأمر أجندات في إسبانيا لإجراء إصلاحات سياسية في الفلبين نظمها مارسيلو ديل بيلار، خوسيه ريزال، وماريانو بونس. أعدم ريزال في نهاية المطاف في 30 كانون الأول/ديسمبر 1896، بتهمة التمرد.[30] بما أن محاولات الإصلاح قوبلت بالرفض، أنشأ أندريس بونيفاسيو في عام 1892 جمعية سرية تسمى كاتيبونان، مجتمع على غرار الماسونيين الأحرار، والتي سعت للاستقلال عن إسبانيا من خلال التمرد المسلح.[28] بدأ كل من بونيفاسيو وكاتيبونان ثورة الفلبين في عام 1896. تمرد فصيل من كاتيبونان، ماجدالو من مقاطعة كافيت، على سلطة بونيفاسيو كزعيم للثورة مما انتهى باستلام اميليو أغوينالدو لقيادتها. في عام 1898، بدأت الحرب الأمريكية الإسبانية في كوبا، ووصلت إلى الفلبين. أعلن أغوينالدو استقلال الفلبين عن إسبانيا في كافيت في 12 حزيران/ يونيو 1898. وتأسست الجمهورية الفلبينية الأولى في العام التالي. في الوقت نفسه، تنازلت إسبانيا عن الجزر إلى الولايات المتحدة مقابل مبلغ 20 مليون دولار في معاهدة باريس لعام 1898.[31] برز بوضوح ان الولايات المتحدة لن تعترف بالجمهورية الفلبينية الأولى، مما أشعل نار الحرب الفلبينية الأمريكية. والتي انتهت بالسيطرة الأمريكية على الجزر.[32]
في عام 1935، منحت الفلبين وضعية الكومنويلث. كما تعطلت خطط الاستقلال على مدى العقد التالي بسبب الحرب العالمية الثانية عندما غزتها الامبراطورية اليابانية وشكلت حكومة عميلة. وارتكبت العديد من الفظائع وجرائم الحرب خلال الحرب مثل مشيرة موت باتان ومذبحة مانيلا خلال معركة مانيلا (1945).[33] هزمت قوات الحلفاء اليابان في عام 1945. بحلول نهاية الحرب يقدر عدد القتلى الفلبينين بأكثر من مليون. في يوم 4 تموز/ يوليو 1946، حصلت الفلبين على استقلالها.[34]
مباشرة بعد الحرب العالمية الثانية، واجهت الفلبين عددا من التحديات. أهمها إعادة بناء البلاد من ويلات الحرب. كما وجب التعامل مع المتعاونين مع الاحتلال الياباني. من ناحية أخرى، استمرت بقايا المتمردين الساخطين من جيش هوكبالاهاب الشيوعي الذي حارب سابقا ضد اليابان، بالتجول في المناطق الريفية. في النهاية تم التعامل مع هذا التهديد من قبل وزير الدفاع الوطني ولاحقا الرئيس رامون ماجسايساى، لكن حالات متفرقة من التمرد الشيوعي استمرت بالاشتعال لفترة طويلة بعد ذلك.[35][36]
في عام 1965، تم انتخاب الرئيس فرديناند ماركوس وزوجته ايميلدا ماركوس إلى جانبه. أعلن الأحكام العرفية في البلاد عندما قربت نهاية فترة ولايته الثانية، ويمنعه الدستور من الترشح لثالثة، في يوم 21 أيلول/سبتمبر 1972. كانت حجته الانقسامات السياسية، وتوتر الحرب الباردة، وشبح التمرد الشيوعي والتمرد الإسلامي وحكم بموجب مرسوم.[37] في 21 آب/أغسطس 1983، تجاهل زعيم المعارضة بنينيو "نينوي" أكينو الابن التحذيرات، وعاد من المنفى في الولايات المتحدة. اغتيل بعدما نزل من الطائرة في مطار مانيلا الدولي (يسمى الآن مطار نينوي اكينو الدولي في ذكراه). بسبب ازدياد الضغط السياسي دعا ماركوس في نهاية المطاف لانتخابات رئاسية مبكرة في عام 1986.[35] اقتنعت كورازون أكينو، أرملة بينينيو، بالترشح للرئاسة ورفع لواء المعارضة. يعتقد على نطاق واسع أن الانتخابات كانت مزورة حيث أعلن عن انتصار ماركوس. أدى ذلك إلى ثورة سلطة الشعب، عندما استقال اثنان من حلفاء ماركوس منذ أمد بعيد، نائب رئيس القوات المسلحة للفلبين خوان بونس إنريل ووزير الدفاع الوطني فيديل راموس، وانضموا إلى معسكر أغينالدو ومخيم كريم. تجمع الناس بدعوة من قبل رئيس الأساقفة في مانيلا الكاردينال خايمي سين، دعما لقادة المعارضة وتظاهروا على ايدسا. في مواجهة الاحتجاجات الواسعة والانشقاقات العسكرية، هرب ماركوس وحلفاؤه إلى هاواي وإلى المنفى. واعترف بكورازون أكينو رئيسة للبلاد.[36][38]
أعاق عودة الديمقراطية والإصلاحات الحكومية بعد أحداث عام 1986 الديون الوطنية، والفساد الحكومي، ومحاولات الانقلاب والتمرد الشيوعي المستمر، والانفصاليين المسلمين. تحسن الاقتصاد خلال إدارة فيديل راموس، الذي انتخب في عام 1992.[39] مع ذلك، فقدت الفلبين الانتعاش الاقتصادي مع بداية الأزمة المالية في شرق آسيا في عام 1997. في عام 2001، وسط اتهامات بالفساد وتعثر عملية الاقالة، أقيل خليفة راموس جوزيف استرادا إخرسيتو من الرئاسة من قبل ثورة ايدسا 2001، وتم استبداله بغلوريا ماكاباغال أرويو.