سكان (بما في ذلك كل المجموعات العرقية) أبخازيا هم من المسيحيين الأرثوذكس (الأبخاز والجورجيين والروس واليونانيين) والمسيحية الأرمينية الرسولية (من أصل الأرمن)، وأقلية مسلمة سنية (معظمهم من أصل الأبخازي).[100] ومع ذلك، فإن العديد من الأشخاص الذين يعلنون أنهم من المسلمين أو المسيحيين لا يحضروا الشعائر الدينية. وهناك أيضا عدد صغير جدا من اليهود، وشهود يهوه وأتباع الديانات الجديدة.[101] منظمة شهود يهوه محظورة رسميا منذ عام 1995، على الرغم من هذا المرسوم لا ينفذ حاليا.[102]
وفقا للدساتير جورجيا وجمهورية أبخازيا ذات الحكم الذاتي الحكومة الحالية لجمهورية أبخازيا فإن معتنقي جميع الأديان (و كذلك الملحدين) لهم حقوقا متساوية أمام القانون.[103] تُحترم حقوق المسلمين، ولكن المسيحين الجورجيين والأرمن يتعرضون للمضايقة والاضطهاد وفقا لتقرير دار الحرية / مايو 2007.[104]
أبخازيا معترف بها من قبل العالم الأرثوذكسي الشرقي باعتبارها أراضي للكنيسة الأرثوذكسية الجورجية، والتي لم تستطع أن تعمل في المنطقة منذ الحرب في أبخازيا. حاليا، الشؤون الدينية للطائفة المسيحية الأرثوذكسية المحلية تدار من قبل "إبراشية أبخازيا" الي فرضتها على نفسها تحت تأثير كبير من الكنيسة الأرثوذكسية الروسية.