حكومة جمهورية أبخازيا المستقلة ذاتيا، هي حكومة في المنفى حيث تعترف جورجيا بها كحكومة أبخازيا الشرعية. حافظت الحكومة الموالية لجورجيا علي موطيء قدم في الأراضي الأبخازية، في الحزء الأعلي من وادي كودري من يوليو 2006 حتي تم إجبارها علي الخروج عن طريق القتال في أغسطس 2008.كما أن الحكومة مسؤولة جزئيا عن شؤون 250،000 بعض النازحين الذين أجبروا على ترك أبخازيا بعد الحرب في أبخازيا والتطهير العرقي الذي تلي ذلك.[82][83] رئيس الحكومة الحالي هو مالخاز أكيشبايا.
خلال الحرب في أبخازيا، قامت حكومة جمهورية أبخازيا المستقلة ذاتيا التي كان يطلق عليها آنذاك "مجلس وزراء أبخازيا"، بترك ابخازيا بعد أن سيطرت القوات الانفصالية الأبخازية علي عاصمة المنطقة سوخومي ونقلها إلى عاصمة جورجيا تبيليسي حيث كانت تعمل بوصفها حكومة أبخازيا في المنفى منذ نحو 13 عاما. خلال هذه الفترة، حكومة أبخازيا في المنفى برئاسة تاماز نادرشيفيلي، وكان معروفا عنهم الموقف المتشدد تجاه المشكلة الأبخازية، وكثيرا ما أعربوا عن رأيهم بأن حل الصراع لا يمكن أن يتحقق إلا عن طريق الرد العسكري لجورجيا على الانفصاليين. [بحاجة لمصدر] وفي وقت لاحق ،إدارة نادرشيفيلي تورطت في بعض الجدل الداخلي وعدم وجود دور نشط في السياسة الأبخازية [بحاجة لمصدر] حتى يتم تعيين رئيس جديد، إراكلي ألاسانيا، من قبل رئيس جورجيا، ميخائيل ساكاشفيلي، مبعوثه في محادثات السلام عن أبخازيا.