العلوم الدينية
كتب ابن الهيثم عملاً دينيًا، تطرق فيه للنبوة ووضع نظامًا ذا معايير فلسفية لمقارعة المكذبين في زمنه.[104] كما كتب مخطوطة حول "العثور على إتجاه القبلة بالحساب".[83]
وقد كتب في مخطوطته حول شكوكه فيما يتعلق ببطليموس :
ابن الهيثم البحث عن الحقيقة في حد ذاتها أمر صعب، والطريق إلى ذلك وعر. فالحقائق يكتنفها الغموض.... الله لم يعصم العلماء من الخطأ، ولم يحم العلم من القصور والنقص. لو كان هذا هو الحال، لما اختلف العلماء على أي من مسائل العلم...[105]
ابن الهيثم
في مخطوطة الحركة المتعرجة ، كتب ابن الهيثم :
ابن الهيثم مما قاله الشيخ الجليل، فمن الواضح أنه يعتقد في كل ما يقول بطليموس، دون الاعتماد على إثبات أو دليل، ولكن عن طريق التقليد الخالص. وهو ما لا يجوز إلا في إتباع سنن الأنبياء عليهم السلام، لا مع المختصين بالرياضيات.[106]
ابن الهيثم
وصف ابن الهيثم منهجه، فقال:
ابن الهيثم سعيت دومًا نحو المعرفة والحقيقة، وآمنت بأني لكي أتقرب إلى الله، ليس هناك طريقة أفضل من ذلك من البحث عن المعرفة والحقيقة.